Le vendredi 5 juin, Delphine ADAM présentera l'examen en vue de l’obtention du grade académique de Docteur en Sciences (Collège de doctorat en Biochimie, biologie moléculaire et cellulaire, bioinformatique et modélisation) sous la direction de Sébastien RIGALI.

Cette épreuve consistera en la défense publique d’une dissertation intitulée :

« Actinobacteria from cave moonmilk deposits: isolation of rare taxa and assessment of antimicrobial activitie ».

Le Jury sera composé de :

M. F. BEAUFAY (Président), Mmes et MM. S. MASSART, C. PRIGENT-COMBARET (Université Claude Bernard Lyon 1) S. RIGALI (Promoteur), C. VAN DER HENST (VUB), A. WILMOTTE (Secrétaire)

Résumé

La résistance croissante des microorganismes aux antibiotiques actuellement disponibles constitue une menace majeure pour la santé mondiale. Parallèlement, l’intérêt grandissant pour les composés naturels dans les secteurs agro-alimentaire et pharmaceutique ravive la recherche de nouvelles molécules bioactives. Dans ce contexte, l’exploration de niches écologiques extrêmes ou encore peu explorées est une stratégie prometteuse pour découvrir de nouveaux microorganismes producteurs de métabolites d’intérêt. Parmi ces environnements extrêmes, les spéléothèmes nommés « lait de lune » ou « moonmilk » observés dans certaines grottes calcaires possèdent une diversité microbienne étonnamment riche malgré des conditions oligotrophes extrêmes. Cette thèse s’est inscrite dans cette perspective et avait pour objectif : (i) d’accéder à une partie de la « matière noire biologique » en adaptant les protocoles d’isolement d’actinobactéries rares à partir du moonmilk, et (ii) d’étudier le potentiel antibactérien et antifongique des souches isolées de cet environnement. L’optimisation des méthodes d’isolement a permis d’obtenir quarante isolats appartenant à huit genres bactériens, dont plusieurs taxons rares isolés pour la première fois à partir de moonmilk. Les analyses génomiques et les tests de bioactivité ont révélé que plusieurs de ces souches possèdent un fort potentiel pour la production de composés aux propriétés antimicrobiennes. Une attention particulière a été portée à l’activité antifongique observée contre Rasamsonia argillacea, un pathogène émergent associé notamment à la mucoviscidose. Nous avons montré que cette inhibition dépendait des conditions de culture et était médiée par des composés volatiles. Une approche de volatilomique comparative a permis d’identifier deux volatiles soufrés, le DMDS et le DMTS, dont la capacité à inhiber ce pathogène a été confirmée. Dans l’ensemble, ces travaux démontrent que les dépôts de moonmilk constituent une source encore sous‑exploitée d’actinobactéries et de métabolites naturels, soulignant l’importance de poursuivre l’exploration de milieux peu étudiés afin de répondre aux défis croissants liés à la résistance aux agents antimicrobiens.