A la pointe de la recherche, la Faculté des Sciences diplôme chaque année une septantaine de docteurs. Elle est organisée en 7 Unités de Recherche facultaires ( Mathematics, CESAM, MOLecular SYStems, inBioS, FOCUS, SPHERES et GEOLOGY)  et 4 Unités de Recherche Interfacultaires (STAR, GIGA-R, DIDACTIfen et Art, Archéologie et Patrimoine).

L'ensemble des URs facultaires sont regroupées sous le chapeau "Exact and Natural Sciences" (ENS) dont la mission principale est de soutenir, notamment grâce à la recherche fondamentale, le développement de la connaissance conduisant à l'élaboration de nouveaux concepts et contribuant à la modernisation constante de la formation des étudiants et de la communauté scientifique.

La Faculté est également associée à plusieurs stations scientifiques : en Corse (Station de Recherches Sous-marines et Océanographiques à Calvi), en Suisse (Station de Recherches du Jungfraujoch), au Chili (Télescope TRAPPIST-Sud dans le désert de l'Atacama), au Maroc (Télescope à l'Observatoire de l'OukaImeden) et en Belgique (Station Scientifique des Hautes-Fagnes au Mont-Rigi).

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